齐齐哈尔市医疗保险局是在原齐齐哈尔市医疗保险中心基础上组建而成，隶属于齐齐哈尔市人力资源和社会保障局，主要负责齐齐哈尔市城镇职工医疗保险、大额补助医疗保险、工伤保险、生育保险、个体灵活就业人员医疗保险及城镇居民医疗保险基金的收缴、拨付以及管理工作；参与确定定点医疗机构和定点药店，并同定点医疗机构、定点药店签订服务协议，对其工作给予监督、管理和指导；负责受理用人单位医疗保险、工伤保险、生育保险申报、登记和缴费。负责医疗保险、工伤保险、生育保险、个体灵活就业人员医疗保险及城镇居民医疗保险的政策宣传、业务查询。负责提出改进和完善工作的建议和意见，并做好相应的配套管理服务工作。